Останки пекинского синантропа долгое время хранились в небольшом сейфе в больнице Сехэ в Пекине,  но однажды они  пропали.

 Накануне Тихоокеанской войны знаменитый китайский антрополог Вэй Дунжуй предложил перевезти эти останки на хранение в США, по его мнению, хранить эту реликвию в пекинской больнице  было бы ненадежно. Примерно за две недели до событий в Перл Харбор, заведующий хозяйственной частью в больнице Сехэ Бо Вэнь отдал распоряжение  упаковать останки пекинского синантропа и  прежде всего перевезти их в Посольство США.  С тех пор эта драгоценная реликвия бесследно исчезла. Некоторые считают, что когда останки перевозились из Посольства в Америку морским путем, корабль затонул. А некоторые полагают, что японские войска захватили корабль, где находились бесценные останки. После Второй мировой войны американская армия провела масштабные изыскания в Японии, но результат был плачевным. В 1972 году один американский миллионер объявил огромное денежное вознаграждение за находку останков пекинского синантропа, но  из этого тоже ничего не получилось. В 1970 году, одна американка позвонила ученому по имени Кристоф, который долгое время интересовался поисками пропавшей археологической реликвии. Она сообщила Кристофу, что ее муж при жизни в течение многих лет хранил останки пекинского синантропа дома,  она даже дала Кристову фотографии, подтверждающие  это. Кристоф изучил эти фотографии и пришел к выводу, что на фотографиях были  подлинные останки пекинского синантропа. Однако вскоре Кристоф потерял связь с этой женщиной. В 1991 году, американский историк по фамилии Бран получил письмо от некоего доктора Флии. В своем письме Флии сообщил, что он нашел ту самую женщину, которая хранила у себя останки  пекинского синантропа. Но, к сожалению, вскоре после этого, осенью 1992 года, доктор Флии умер.

  В конце 1970 года, в «Нью-Йорк Таймс» было опубликовано заявление одного врача по имени Вильянмс. В заявлении говорилось, что он знает возможное место останков пекинского синантропа. Согласно его первой версии- они хранятся у одного китайца, который живет в городе Тяньцзине. А по второй - возможно, они хранятся в одном научно-исследовательском институте, который открыли французы в Тяньцзине. И третье- они хранятся в одном шведском банке. Однако все эти три версии  впоследствии не подтвердились. Позже, китайский археолог Чжоу Госинь выдвинул свою версию относительно места пребывания пропавших останков: перед инцидентом в Перл Харбор, один охранник у входа в Посольство США в Китае видел, как два человека вынесли большой ящик и закопали его. По словам этого охранника, в этом ящике, возможно, и были спрятаны археологические останки. Китайский археолог Чжоу Госинь даже нашел то место, где был закопан ящик. Однако, в этом месте  уже появились новые дома и проведение поисков намного осложнилось.