Географическое положение Западных территорий на стыке Востока и Запада и Шелковый торговый путь обусловили узловую роль этого района, где перекрещивались торговые пути и культурное влияние Востока и Запада. Принесенные из Персии зороастризм и манихейство, буддизм из Индии получили здесь широкое распространение. Особенно популярным был буддизм. К описываемому периоду относится появление таких буддистских памятников, как Кызылские пещерные храмы Тысячи Будд, Кумутурские пещерные храмы Тысячи Будд, монастырь Чжаогули в Цюцы, Буддистский монастырь в Керии и др. Эти памятники - свидетельство сосуществования в Западных территориях многих культов и религий.

В 40-е годы 9-го века в этнографической архитектонике Западных территорий произошли изменения, связанные с массовой миграцией сюда уйгурских племен, проживавших в районе между Алтайскими горами и горами Большого Хингана. Дойдя до Турфанской впадины, уйгуры смешались с проживавшими там тюркскими народностями (гэлолу и др.), затем распространились по южным предгорьям Тяньшаня. Постепенно они перешли к оседлому образу жизни. Процессы этнографического смешения и ассимиляции продолжались и в новых местах их расселения, причем уйгурский язык (тюркской языковой семьи) занял господствующее положение. Почти одновременно произошло распространение исламизма на восток из Караханского ханства (с центром в Каши).

В 13 веке монгольские завоеватели покорили Западные территории, да и захватили власть над Центральной Китайской равниной, основав монгольскую по происхождению династию Китая - Юань. Второй сын Чингисхана Чагэтай (?-1241) основал Чагэтайское ханство, в которое вошли районы к югу и северу от Тяньшаньского хребта и к востоку от реки Амударьи. Позднее Чагэтайское ханство раскололось на Восточное и Западное ханства, в Восточном Чагатайском ханстве главным языком стал тюркский, а в годы правления Тимур-ленга ("железного хромого") в качестве официальной религии был признан исламизм. Кое-где, например, в Куче исламизм был введен силой. К моменту основания Яркендского ханства в многочисленных городах-царствах на обширной территории Южного Синьцзяна в основном была завершена исламизация и введение тюркского языка. То был период, непосредственно предшествовавший формированию нынешнейуйгурской национальности. И в этот же период произошло формирование современных этносов в пределах Китая: казахов, киргизов, узбеков, таджиков и татар. Очевидно, что в этнографической истории Синьцзяна не было случая, чтобы одна-единственная этническая общность занимала центральное, довлеющее положение все время, с глубокой древности до наших дней.

Современная этническая архитектоника Синьцзяна является результатом длительного процесса реструктуризации, смешения и ассимиляции разных этнических конгломератов и групп.

Факты говорят о том, что несмотря на широкое распространение тюркского языка и исламизации в Синьцзяне все же продолжали сосуществовать бок о бок культуры и национальные особенности многих народностей. В середине 17 века монголы находились в состоянии раздробленности, их племена делились на три части: одна находилась в северной части Монгольского плато, другая в южной, третья в западной. Западные монголы назывались также ойратами - здесь был союз четырех племен: джунгарского, торгоутского, дорбутского и хошутского. Джунгарское племя кочевало в районе к северу от Тяньшаня, в долине реки Бокк близ гор Сали к востоку от Тарбагатая, позднее джунгары покорили остальные три ойратских племени, захватили долину реки Или и создали Джунгарское ханство. Таким образом на территории Синьцзяна сложились два правящих этноса: к югу от Тяньшаня правили хуэй (уйгуры-мусульмане), а к северу от Тяньшаня правили джунгары, религией которых был буддизм (тибетская разновидность). Джунгары то и дело предпринимали военные набеги на окраинные районы Китайской империи: Цинхай, Тибет и другие места. Правительство династии Цин (1644-1911) в 1690-1757 годах вынуждено было не раз посылать войска для отпора джунгарам и, наконец, подавило непокорных.