Пришедший к власти в 1644 году император династии Цин немедленно установил связь с Восточным Чагэтайским ханством. Правители последнего выразили, что признают верховную власть Китая, так что между ними и ЦП Китая установились мирные взаимные отношения.В 1680 году внутри Восточного Чагатайского ханства произошел раскол, стоявший во главе мусульманской секты "белогорцев" Ходжа Апока ("ходжа" - уважительное звание у мусульман) подговорил предводителя Джунгарского племени Гэлдана пойти походом на Восточное Чагатайское ханство. Послушавшись Апоки, Гэлдан разбил войска Восточного Чагатайского ханства и установил власть над территориями у южных и северных предгорий Тяньшаня.

Джунгары происходили от ойратов. В конце правления китайской династии Мин и начале правления Цинов происходит усиление джунгар. Покорив Восточное Чагатайское ханство, джунгарский правитель Гэлдан не пожелал подчиняться китайскому императору, не признав его полномочия в Западных территориях. Цинское правительство не раз посылало против джунгар войска, пока, наконец, подавив в 1757 году мятеж военачальника Амурсана - выходца из джунгарских аристо-кратов, окончательно не усмирило Джунгарию. В 1758 году против цинского господства восстала мусульманская секта "белогорцев", во главе восстания стояли Большой ходжа Полониду и его брат Младший ходжа Хоцзитай. На второй год цинские войска захватили города у южного предгорья Тяньшаня и подавили восстание. Таким образом цинское правительство установило свою власть над всеми Западными территориями.

В 1759 году цинское правительство официально ввело в употребление название "Синьцзян" (Новая пограничная область) для обозначения Западных территорий. Там повсеместно были учреждены административные органы, иными словами, центральное китайское правительство решительно приступило к управлению указанными территориями. В 1762 году была учреждена должность генерал-губернатора в Кульдже, штаб-квартира которого находилась в Хойюаньчэне (близ уездного центра Коргас); были введены должности "дутун" (генерал-губернатор), "цаньцзан" (помощника генерал-губернатора), "баньши" (делопроизводителя), начальника отряда и пр. Таким образом система управления в Синьцзяне была практически идентичной с административной системой во внутренних районах Китая, что способствовало укреплению единства государства.

В конце августа 1771 года обитавшее в Поволжье (Россия) племя торгоутов во главе с вождем Убаси мигрировало в пределы Китая, преодолев на пути многочисленные преграды, чинимые преследовавшими беженцев войсками Царской России. Возвращение торгоутов на свою родину рассматривается китайскими историками как важное событие в деле поддержания национального единства со стороны народов Синьцзяна в период новой истории. Торгоуты являются племенем родственным ойратам. Их приход был тепло встречен цинским правительством. Предводитель торгоутов Убаси предъявил Илийскому генерал-губернатору яшмовую печать, которую в свое время вручил его предшественнику в качестве атрибута титулования минский император, как знак, свидетельствовавший о исторически существовавших связях торгоутов с Китаем. Правивший в то время император Цинской династии Цяньлун приказал Илийскому (Кульджинскому) генарал-губернатору и его заместителю в Уше позаботиться о торгоутах, в частности на приобретение торгоутами скота и других средств производства было из госказны отпущено 200 тысяч ляпов серебра. В том же году, в сентябре император Цяньлун в своей летней резиденции Бишушаньчжуан принял предводителя торгоутов Убаси. На приеме Цяньлун воздал должное заслугам Убаси, под руководством которого торгоуты вернулись из чужбины на родину, и присвоил ему почетный титул "отважного хана". В память о возвращении торгоутов Цяньлун собственноручно сделал две надписи на каменных стелах: "Возвращение торгоутов" и "Обустройство вернувшихся торгоутов". Эти стелы хранятся в буддистском храме близ резиденции Бишушаньчжуан. Торгоуты были поселены в Юрдосской и Буксарской степях, от них ведут происхождение нынешние монголы, проживающие в Синьцзяне.

В 1840 году Китаю была навязана опиумная война, ставшая водоразделом в истории Китая. Эта война открыла раздел империалистической интервенции в Китае и превращения Китая вполуфеодально-полуколониальную страну. Население Синьцзяна, как и китайцы других районов, поднялись на борьбу против имприа-листической агрессии, раскола и феодального гнета. Эта борьба сделала еще более тесными связи между судьбами Синьцзяна и Китая в целом.

Поражение в Первой опиумной войне (1840) сильно ослабило цинское правительство, территория Китая стала объектом империалистической агрессии, суверенные права Китая грубо попирались. Воспользовавшись обстановкой, на северо-востоке страны развернула экспансию Царская Россия, завершившая к тому времени покорение Сибири. В 1860 году, когда Объединенная армия Англии и Франции, вторгшаяся на территорию Северного Китая, заняла Пекин, царская Россия, воспользовавшись случаем, стала претендовать на привилегии в Китае, якобы за то, что играла миротворческую роль "посредника" между Китаем и державами. Правительство Царской России принудило цинский двор подписать позорный для Китая Пекинский (Китайско-Российский) договор, согласно которому Россия отторгла от Китая в свою пользу китайскую территорию на Северо-Востоке размером более 1 миллиона кв. км. В 1864 году под нажимом со стороны Царской России цинское правительство подписало с правительством России "Протокол о демаркации северо-западного участка Китайско-Российской границы", по которому России отходил участок территории Северо-Западного Китая размером 440 тысяч кв.км. В 1851 году между цинским правительством и правительством Царской России было подписано Положение о китайско-русской торговле в Кульдже и Тарбагатае, по которому Россия получала право учредить консульства в Кульдже (Инине) и Чугучаке (Тачэне), право беспошлинной торговли, а также право создать свои кварталы (сеттльмены), на которые не распространялась юрисдикция китайского правительства. В 1855 году русский консул в Тачэне Татаринов вознамерился прибрать к рукам Яргетский золотой прииск, что неподалеку от Тачэна, и для этого во главе с отрядом русских из 200 человек устроил на прииске резню, в ходе которой погибло более 200 китайских рабочих. Возмущенные зверством царских интервентов, рабочие прииска во главе с Ань Юйсянем и Сюй Тяньяо подняли восстание, сожгли русский торговый квартал в Тачэне, продемонстрировав непреклонность и храбрость в деле защиты государственного суверенитета Родины.