Период Муромати (Асикага) (1337 - 1573 гг. н.э.). Предав императора Годайго, клан Асикага восстанавливает систему сегуната и устанавливает марионеточное правительство в Киото. Годайго бежит от Асикага на Холм Йосино, около Нара, и в течение 55 лет (1337 - 1392 гг.) в Японии существует два имперских двора. Это темный период в истории Японии: из-за своей слабости Асикага не могут контролировать провинции и между феодалами постоянно вспыхивают конфликты. Период междоусобных войн (Сенгоку Дзидай) продолжается около ста лет (1467 - 1574 гг.). Увеличивается спрос на мечи, и по всей Японии кузнецы производят их в большом количестве. В Киото процветают искусства, под патронажем Асикага, которые подражая клану Фудзивара, порой превосходят его в роскоши.

Период Азучи-Момояма (1574 - 1602 гг. н.э.). Ода Нобунага - самурай не самых благородных кровей - прибывает в Киото для восстановления порядка по просьбе императора и назначается вице-сегуном. Незадолго до завершения миссии окончательного объединения Японии Нобунага убивают. Тойотоми Хидейоши, способный преемник Нобунага, завершает дело объединения страны и восстанавливает порядок после долгих войн. Низкорожденный Хидейоши назначается регентом империи, а другие военные лидеры становятся дайме - удельными князьями. Перед Хидейоши возникает необходимость задействования громадной, но ставшей ненужной в мирное время армии, и он предпринимает две неудачные попытки вторжения в Корею и Китай в 1592 г. и 1597 г. Хидейоши устанавливает столицу в Осаке; все искусства, включая производство мечей, процветают.

Период Эдо (Токугава) (1603 - 1867 гг. н.э.). После смерти Тойотоми Хидейоши и последовавшей за этим битвы Секигахара (сентябрь 1600 г.) власть переходит к Токугава Иэясу. Клан Токугава правит Японией из своей столицы Эдо (нынешний Токио) в течение 250 лет. В начале периода клан Токугава, в целях укрепления системы сегуната и облегчения управления, устанавливает фундаментальные законы; также избирается политика изоляции от других государств. Устанавливается и действует на протяжении всего периода уникальная классовая система, подразделяющая людей на дайме, самураев, фермеров, ремесленников и купцов. Длительный и относительно мирный период Токугава заканчивается в начале 19 века, когда Япония открывает свои границы, под давлением иностранных держав, преследующих свои торговые интересы. В это же время дайме Сотозама, потомки феодалов, заключивших мир с кланом Токугава после битвы Секигахара, становятся в оппозицию сегунату.

Современный период (с 1868 г. н.э.). Император Мейджи, 122й потомок Императора Джимму, с помощью дайме Сотозама, обретает независимость от клана Токугава и в 1868 году устанавливает столицу в Токио. Вскоре после этого (в 1876 г.) ношение мечей запрещается общенациональным декретом.